Košarka ima pri klubu FC Bayern dolgo tradicijo: že leta 1946 je najuspešnejši nogometni klub v Nemčiji odprl oddelek za košarko. V letih 1954 in 1955 so je košarkarji FC Bayerna postali nemški prvaki, leta 1968 pa osvojili še Pokal DBB. Nato so v bavarski prestolnici sledila desetletja suše in klub je igral v 2. in 3. ligi. Šele v novem tisočletju se je situacija izboljšala.

V sezoni 2009/10 so se člani celotnega kluba odločili, da bodo ekipo podprli pri uvrstitvi v ligo BBL. Novo obdobje se je začelo z zvezdniškim trenerjem Dirkom Bauermannom, ki je Leverkusen popeljal do sedmih naslovov državnega prvaka zapored. Od sezone 2011/12 naprej je FCB spet igral prvovrstno in se uvrstil v končnico. Leta 2014 se je trud končno izplačal - po tem, ko je v finalni seriji v Berlinu ALBO premagal s 3:1, se je FC Bayern veselil 3. naslova nemškega prvaka in se že naslednje leto spet uvrstil v finale lige BBL. bwin je klub sponzoriral med leti 2012 in 2015 ter bil tako eden najpomembnejših podpornikov na njegovi poti do uspeha.